چون خیلی سخت راه حل رو پیداکردم اینجا توضیح میدم. گویا از گنوم ۳.۶ به بعد کوتوله خودش برای خودش برنامه نوشته و دیگه از  سرویس ibus استفاده نمیکنه. لذا به نظرش اومده که هنگام تغییر  کیبور از آمریکایی به سایر چینش ها لزومی نداره که هات کی ها هم کار کنند. برای حل این مشکه بالاجبار باید ibus رو نصب کرد. بسته های مورد نیاز ibus-table و ibus-m17n(که به صورت پیش فرض معمولا نصب هست) هستند. بعد از نصب به تنظیم چینش صفحه کلید رفته و خواهید دید که سه تا فارسی جای یک فارسی می‌بینید. اونی که m17n داره مشکل هات کی رو نداره.

امیدوارم که مفید باشه.